Im süddeutschen Raum diente das Herzogtum Bayern als Vorbild für die Katholische Reform. Im Hochstift und im Bistum Bamberg wurden seitens der Fürstbischöfe, welche zu dieser Zeit nie die Bischofsweihe empfangen hatten, bischöfliche Funktionen und Rechte mit Hilfe von Weihbischöfen und Generalvikaren ausgeübt.
In der zweiten Hälfte des 16. Jahrhunderts scheint unter Fürstbischof Veit II. von Würtzburg (reg. 1561-1577) ein Geistliches Ratskollegium etabliert worden zu sein, das sogenannte Fürstbischöfliche Vikariat. Nach der Auflösung des Hochstifts Bamberg während der Säkularisation geriet das Vikariatsarchiv in erhebliche Unordnung. Die Archiv- und Registraturbestände des Domkapitels und des Fürstbischöflichen Vikariats, der Stifte und Klöster wurden durch die bayerischen Behörden zusammengezogen und anschließend gesichtet. Das gleiche geschah mit den Urkunden, die aus den Pfarreien angefordert wurden. Die zum Vikariatsarchiv gehörigen Protokollbände und die Akten wurden 1811 der Kirche zur Erfüllung ihrer Aufgaben überlassen. Bei der allerdings unvollständigen Aktenabgabe verblieb Aktenmaterial im bayerischen Besitz und wird heute im Staatsarchiv Bamberg verwahrt. Einzelne der damals abgegebenen Akten gehören dagegen ins domkapitelsche Archiv.
1817 wurden im Zusammenhang mit dem bayerischen Konkordat die Grenzen der bayerischen Bistümer neu definiert. Diese neuumschriebenen Bistumsgrenzen führten ab 1823 während des gesamten 19. Jahrhunderts zu mehreren interdiözesanen Beständebereinigungen. Daher umfasst heute der im Archiv des Erzbistums Bamberg verwahrte Bestand "Rep. I Geistliche Regierung" auch Urkunden und Akten zu Pfarreien, die zum alten Bistum Würzburg gehörten. Der Bestand mit einer Laufzeit von 1178 bis 1821 besteht aus der Hauptserie mit 190 Vikariatsprotokollbänden, den Nebenserien mit den Protokollbänden der Testamente, der Stiftungsrevision, des Geistlichen Bauamts, der Milden Stiftungen und der Visitationsberichte. Hinzu kommen 1082 Pergamenturkunden und 72 laufende Regalmeter Akten.
Geordnet wurden die Protokollbände samt den Vikariatsakten und Urkunden in den Jahren 1896 bis 1898 durch den Domvikar und nachmaligen Generalvikar und Weihbischof Dr. Adam Senger (1860-1935). Ein Verzeichnis fertigte von 1925 bis 1928 Johann Schlund (1874-1942), Pfarrer von Breitengüßbach.
Eine Verzeichnung, welche heutigen Standards entspricht, steht noch aus. Der Großteil des Altrepertoriums wurde in die Archivdatenbank übertragen.