Mit der Umsetzung des Bayerischen Konkordats im Jahre 1821 wurde der letzte Eichstätter Fürstbischof Joseph Graf von Stubenberg (1740-1824) Erzbischof von Bamberg. Das Bistum Eichstätt behielt er zur Administration. Dort blieb er auch bis zu seinem Tod wohnen. In Bamberg hatte seit der Abdankung des letzten Bamberger Fürstbischofs Christoph Franz von Buseck (1724-1805) als Fürst im Jahre 1802 das Fürstbischöfliche Vikariat in deutlich reduzierter Form als Vikariat weitergearbeitet, seit Abschluss des Bayerischen Konkordats im Jahre 1818 als Generalvikariat. Erst ab 1821 konnten Strukturen aufgebaut werden. Als ersten Generalvikar ernannte Graf von Stubenberg im November 1821 Franz Kaspar Fraas (1763-1844), als ersten Sekretär des Generalvikariats im September 1822 Johann Jakob Wagner (1772-1825). Nur eine Woche später hob Graf von Stubenberg das Generalvikariat auf, übertrug dessen Aufgaben dem nun gegründeten Allgemeinen Geistlichen Rat (Ordinariat) und gründete das Generalvikariat neu. Das neu umschriebene Generalvikariat sollte lediglich die dem Erzbischof vorbehaltenen Fälle behandeln und im dazugehörigen Protokollband die Ergebnisse in Kurzform dem Ordinariat zur Kenntnis geben.
Der Bestand "Rep. 3 Generalvikariat" umfasst 198 laufende Regalmeter Akten und Bände. Davon sind 13 laufende Regalmeter die Generalvikariatsprotokollbände. Sie wurden zwischen 1819 und 1892 geführt. 26 laufende Regalmeter umfassen die Personalakten der Kleriker. 34 laufende Regalmeter behandeln Eherechtsfälle, meist Dispensen für konfessionsverbindende Eheschließungen.
Ein Aktenplan für die Registratur des Generalvikars wurde im Jahr 1978 durch den Registrator Domvikar Dr. Edmund Karl Farrenkopf (1906-1982) erstellt. Er bildet die Grundlage für den Bestand "Rep. 3 Generalvikariat". Seine Laufzeit beträgt 1819 bis etwa 1982.