Die Organisation der Registratur der Bamberger Erzbischöfe wurde im Jahre 1822 im Auftrag des ersten Bamberger Erzbischofs Joseph Graf von Stubenberg (1740-1824) vom Eichstätter Domdekan Euchar Adam (1748-1830) erarbeitet. Der Aktenplan ist alphanumerisch aufgebaut, wobei jeweils der Anfangsbuchstabe des Betreffes Verwendung fand. Der Aktenplan wurde unter dem Nachfolgebischof Joseph Maria Freiherr von Fraunberg (1768-1842) fortgeführt. In dessen Amtszeit fällt die Fadenheftung der Akten, so dass deren Registraturen verbunden sind. Unter den nachfolgenden Erzbischöfen wurde die Registratur ungebunden weitergeführt. Erst Johann Grellner (1880-1954), von 1914-1922 Sekretär von Erzbischof Jacobus von Hauck (1861-1943), führte in der bischöflichen Registratur erstmals eine hierarchisch gegliederte Klassifikation ein. Sie umfasst sieben Hauptgruppen. Grellner erarbeitete als Ruhestandsgeistlicher ein Aktenverzeichnis der Gesamtregistratur der Erzbischöfe und legte es 1945 vor. Registraturordnung und Aktenverzeichnis wurden anschließend fortgeführt. Eine aktualisierte Version datiert 1965. Aufgrund der Generalsanierung der bischöflichen Amtsräume während der Bischofsvakanz 1976/77 gelangte die Altregistratur der Erzbischöfe ins AEB. Eine in den 1980er Jahren begonnene Neuordnung und Verzeichnung blieb unabgeschlossen. Seit 2017 wird die Registratur, getrennt nach den Amtszeiten der Erzbischöfe, geordnet und verzeichnet.