Die Aufhebung des Hochstifts durch die Säkularisation im Jahre 1803 stellt eine Zäsur in der Bamberger Kirchengeschichte dar. Die kirchliche Neustrukturierung des seitdem in den Grenzen des bayerischen Staat liegenden Bistums Bamberg dauerte bis 1821. Durch das bayerische Konkordat von 1817 wurde Bamberg zum Sitz eines Erzbistums erhoben. Die Bamberger Kirchenprovinz umfasst die nordbayerischen Bistümer Bamberg, Eichstatt Würzburg und Speyer (bayerische Pfalz). Das Erzbistum Bamberg umfasst zu etwa einem Drittel vormals würzburgische Pfarreien und neugegründete katholische Pfarreien in vormals rein protestantischen Herrschaftsgebieten. Daher bietet sich auch archivisch die Unterscheidung zwischen hochstiftischer und erzbischöflicher Zeit an:
Die Arbeit der Bistumsleitung ist besonders gut in den verschiedenen Protokollserien der Leitungsbehörden nachvollziehbar. Mehrere digital im Lesesaal einsehbare Protokollserien sowohl aus fürstbischöflicher als auch aus der Zeit des Erzbistums werden hier zusammengefasst vorgestellt: